十年前的冬木市大災(zāi)難中，少年衛(wèi)宮士郎被魔術(shù)師衛(wèi)宮切嗣所救并收為養(yǎng)子。十年后，繼承"正義的伙伴"信念的士郎在每日魔術(shù)訓(xùn)練中意外觸發(fā)圣杯戰(zhàn)爭——這場由七名魔術(shù)師與七位英靈締結(jié)契約展開的廝殺，最終將通過殲滅所有對手獲得實現(xiàn)任何愿望的圣杯。士郎與英靈Saber結(jié)契后發(fā)現(xiàn)，十年前引發(fā)災(zāi)難的正是這場戰(zhàn)爭對圣杯的爭奪。隨著戰(zhàn)斗推進(jìn)，士郎逐漸察覺圣杯被遠(yuǎn)古邪神侵蝕的本質(zhì)：所謂愿望機(jī)實則通過吞噬靈魂扭曲人類意志。為阻止歷史重演，士郎在與各路強(qiáng)敵交鋒的同時，與Saber共同追尋摧毀被污染的圣杯之法。最終在冬木大教堂的決戰(zhàn)中，士郎以自身為媒介消滅圣杯系統(tǒng)，終結(jié)了這場持續(xù)半個世紀(jì)的詛咒輪回。