十年前的冬木市大災難中,少年衛宮士郎被魔術師衛宮切嗣所救并收為養子。十年后,繼承"正義的伙伴"信念的士郎在每日魔術訓練中意外觸發圣杯戰爭——這場由七名魔術師與七位英靈締結契約展開的廝殺,最終將通過殲滅所有對手獲得實現任何愿望的圣杯。士郎與英靈Saber結契后發現,十年前引發災難的正是這場戰爭對圣杯的爭奪。隨著戰斗推進,士郎逐漸察覺圣杯被遠古邪神侵蝕的本質:所謂愿望機實則通過吞噬靈魂扭曲人類意志。為阻止歷史重演,士郎在與各路強敵交鋒的同時,與Saber共同追尋摧毀被污染的圣杯之法。最終在冬木大教堂的決戰中,士郎以自身為媒介消滅圣杯系統,終結了這場持續半個世紀的詛咒輪回。