2010年秋，世衛組織官員小林榮子（檀麗飾）隨隊前往菲律賓撲滅禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自離開疫區。次年，東京都某市立醫院醫生松岡剛（妻夫木聰飾）收治的高燒病人咳血而死，病人家屬與部分醫生因感染病倒。近郊養雞場檢測出禽流感病毒，場主神蒼及女兒（池脅千鶴飾）的平靜生活被打破。小林受命指導防疫，舊相識松岡擔任其助手。疫情迅速擴散至全國，一月內病亡人數突破兩千人，引發國際關注，政府封鎖疫區。松岡通過國外檢測結果發現病毒源頭另有隱情，決定赴菲律賓調查真相。最終揭露菲律賓疫區存在刻意隱瞞的變異病毒株感染病例，松岡與當地醫生合作完成關鍵證據鏈。神蒼為保護女兒承認養雞場管理疏失，小林在防疫政策與人道主義立場間做出抉擇。疫情雖被遏制，但病毒變種仍潛藏威脅，三位主角在公共衛生危機中完成各自職業信仰的終極考驗。