羽瀨川拓人是隱藏于現代社會的"魔法學園"候補生，這個被稱作"2年B班平均分數計算機"的平凡少年，在召喚實技Ⅱ補考中意外召喚出魔力值十萬以上、神格值五千的謎樣獸耳少女塔娜羅特。作為古代禁斷魔法"混沌召喚"的產物，塔娜羅特的存在直接威脅著神魔平衡體系。為控制其暴走風險，學園強制安排拓人、鈴穗與塔娜羅特展開三人同居生活。在鈴穗與塔娜羅特爭奪拓人的鬧劇導致學園設施嚴重損毀后，三人被處以隔離懲戒。此時浮現的神秘組織"黑月之門"正暗中實施著通過破壞魔法契約體系來顛覆現世的陰謀，其首領正是掌握古代混沌魔法的前學園教授霧島雙葉。為阻止"終焉之門"開啟，拓人必須與神界代理者埃涅烏斯、魔族混血種寒河江教授等各勢力代表建立臨時同盟，在時限內解開塔娜羅特體內封印的創世魔法代碼。