故事描述一個自稱叫屁祖隱的女人帶著5歲少年突然造訪野原家，聲稱是新之助的親生母親。當晚神秘忍者集團突襲野原家，趁亂綁架了新之助。真相揭曉時揭露屁祖隱所屬家族世代守護著地球能量"寧特魯"，而新之助體內潛藏著對抗異界魔物的關鍵忍法力量。在多方勢力爭奪地球能量的危機中，小新被迫接受嚴苛的忍者訓練。最終少年在關鍵時刻施展影分身忍術，成功擊退企圖奪取能量的異界魔物首領，阻止了地球能量失控引發的毀滅危機。這場跨越時空的忍者對決以守護和平告終，也解開了新之助身世之謎背后的家族羈絆。