地球上的人類因冥王星飛來(lái)的巨大隕石Tanatos面臨存亡危機(jī)，國(guó)際太陽(yáng)系開(kāi)發(fā)機(jī)構(gòu)ISDA啟動(dòng)秘密計(jì)劃"D計(jì)劃"。該計(jì)劃以在小笠原近海深海區(qū)域發(fā)現(xiàn)的高智能生命體"龍"為原型，試圖開(kāi)發(fā)能直接摧毀隕石的生態(tài)兵器。被送往ISDA培育的龍卵承載著人類最后希望，而此時(shí)因事故痛失家人的孤獨(dú)少年與神秘少女偶然相遇。少女的真實(shí)身份與龍存在未知關(guān)聯(lián)，兩人圍繞ISDA展開(kāi)行動(dòng)，并在對(duì)抗Tanatos的過(guò)程中逐漸揭示生命體與人類共存的可能性。隨著龍的覺(jué)醒，其超越預(yù)期的力量開(kāi)始影響戰(zhàn)局走向。