在野原新之助五歲暑假，東京新開的現代復活恐龍主題公園引發熱潮。小白在春日部河灘意外結識神秘伙伴納納——一只與主題公園存在隱秘關聯的小型恐龍。春日部防衛隊在探查納納身世的過程中，發現公園以非法手段復活恐龍的實驗計劃。當巨型暴龍因基因失控突破隔離區肆虐城市時，小新與伙伴們借助納納的特殊能力潛入核心控制室。通過將納納體內穩定的基因序列導入暴龍DNA鏈，成功解除危機并揭露黑幕組織的陰謀。最終小新一行與納納在櫻花紛飛中完成告別，主題公園則被政府接管展開全面調查。