《Missing：他們存在過第二季》延續第一季懸疑奇幻基調，以聚集失蹤死者鬼魂的神秘村莊為舞臺。警方調查組與通靈者孔地亞（高洙飾）意外卷入連環失蹤案，發現受害者亡靈被困于廢棄療養院改建的詭秘社區。隨著調查深入，團隊發現每具無名尸體都關聯著二十年前未結懸案，而操控亡靈的幕后黑手竟與療養院創始人樸武日（許峻豪飾）存在隱秘羈絆。本季通過解剖多重時空的死亡現場，逐步揭露村莊成為靈魂囚籠的真相——當年為掩蓋生化實驗罪行實施的集體滅口，導致亡者執念凝結成實體。最終團隊通過破解死者記憶殘像，在暴雨夜展開生死對峙，將真兇引入亡靈結界完成制裁，并以療養院自毀終結這場跨越陰陽的罪惡輪回。