連接異次元與現實的"門"開啟十余年后，覺醒特殊能力的獵人階層主導著世界秩序。原本位列底層E級獵人的水篠旬，在誤入低等級地下城隱藏的高級雙重迷宮后身受重傷，瀕死之際眼前浮現出僅有自己可見的任務窗口。為求生存接受神秘系統的水篠旬，成為了全球唯一能通過完成任務解鎖「升級」能力的特殊存在。隨著力量不斷增強，他逐漸察覺到獵人協會刻意隱瞞的殘酷真相——所謂地下城怪物的升級機制與自身能力存在深層關聯，而暗中操控這一切的幕后黑手正試圖將人類推向進化與毀滅的岔路口。在追尋系統指令來源的過程中，水篠旬不得不直面自己作為「唯一升級者」必須承擔的終極抉擇。