《殺手信徒第二季》延續第一季主線，聚焦連環殺手Joe Carroll與聯邦探員Ryan Hardy的生死對決。Carroll越獄后，FBI被迫啟用因創傷退役的Hardy作為專案組顧問。在女探員Jennifer Mason與年輕探員Mike Weston的協助下，Hardy發現Carroll正通過隱秘網絡串聯全國連環殺手，構建以"謀殺文化"為信仰的犯罪聯盟。調查過程中，Hardy深入接觸Carroll前妻Claire Matthews及其10歲兒子，試圖通過家庭線索預判兇手動向。Carroll綁架九年前未完成殺害的幸存者，展開對Hardy的心理戰，同時策劃撰寫以自己與Hardy為原型的犯罪小說。專案組在追查中逐步揭露該殺手網絡已發展成組織嚴密的軍團，其犯罪模式從個體作案升級為系統化實施社會恐懼。隨著Carroll軍團的擴張與謀殺計劃的推進，Hardy必須克服心理創傷，在體制束縛中重拾追兇直覺，與時間賽跑阻止即將席卷全美的連環謀殺浪潮。