2013年，都市NO.6。這里是一個沒有犯罪、疾病、戰爭的理想國度。天才少年紫苑（梶裕貴配音）與母親住在高級住宅區，在暴風雨之夜邂逅了傷痕累累的逃亡者老鼠（細谷佳正配音）。紫苑因救助這位被通緝的少年而被剝奪特權，淪為公園管理員。隨著城市頻發離奇死亡事件，紫苑逐漸發現這些案件與NO.6的完美表象存在巨大裂痕，并在生死關頭被已成為反抗軍成員的老鼠所救，潛入外圈貧民區。在資源匱乏卻充滿真實人性的區域，紫苑目睹了政府用生化實驗維持秩序的暴行，并發現自己超常的語言解析能力成為破解NO.6核心機密的關鍵。面對特務機構的持續追捕，紫苑與老鼠開始揭露這個烏托邦社會通過思想控制、基因篩選和定點清除維持"完美"的真相，最終在反抗組織協助下摧毀了維系系統運作的記憶核心裝置。