《金田一少年事件簿R》圍繞天才偵探金田一一與青梅竹馬七瀨美雪、警視廳劍持勇警部組成的偵探鐵三角，在系列案件中展開推理。故事以"香港九龍傳說殺人事件"揭開序幕，通過神秘財(cái)寶傳聞引出連環(huán)命案；速水玲香的身世之謎在"不速之客"中與新案件產(chǎn)生關(guān)聯(lián)；隨后接連發(fā)生的"煉金術(shù)殺人事件"、"獄門塾連続慘劇"等案件，均以古典密室詭計(jì)與人性暗面為核心。特別篇"高空一萬米的殺人"將兇案場景移至萬米高空，"露營場怪事件"與"跳水池的惡靈"則展現(xiàn)不同類型的超自然表象犯罪。最終篇"游戲館殺人事件"將矛盾指向二十年前的復(fù)仇計(jì)劃，所有案件均通過金田一標(biāo)志性的撲克牌推理與驚人的現(xiàn)場還原能力告破。每個事件均嚴(yán)格遵循"所有線索完全公開"的本格推理原則，兇手身份揭曉時必然揭示其與金田一過往經(jīng)歷的隱秘關(guān)聯(lián)。