故事發生在神世紀300年，表面平凡的初中生結城友奈（照井春佳配音）與性格迥異的女孩們——沉默溫柔的東鄉美森（三森鈴子配音）、果敢能干的犬吠埼風（內山夕實配音）、宛如小動物般可愛的犬吠埼樹（黑澤朋世配音）以及傲嬌害羞的三好夏凜（長妻樹里配音）共同組成勇者部，承擔起對抗神秘敵人巴提克（Vertex）的使命。通過神樹賦予的特殊力量，她們以身體為代價與敵人戰斗，逐漸發現勇者系統背后的殘酷真相。隨著戰斗持續，全員遭遇身體殘缺與記憶重置的犧牲，最終在直面神樹意志與歷史輪回后完成凈化，以殘存意識守護重建的世界。