在魔甲蟲吞噬大地的末世世界，人類被迫棲居于浮空城"密斯特崗"。掌握魔導之力的空戰魔導士成為對抗魔甲蟲的核心戰力，彼方·英司作為S128特務小隊王牌曾以"黑之劍圣"之名震懾戰場，卻因未知原因被冠上叛徒罪名，在學園內飽受輕蔑。當這個背負污名的天才被指派為問題小隊E601的教官時，等待他的是三名個性迥異的少女：因魔力失控被孤立的優等生、厭惡空戰理論的實戰派，以及背負家族污點的大小姐。這支由叛徒與問題兒童組成的特殊教導小隊，將在對抗魔甲蟲的實戰中逐步揭開彼方被污蔑的真相，并在密斯特崗的政治陰謀與魔甲蟲巢穴的雙重威脅下，以非正統戰術開辟生存之路。