天空寺尊自幼立志成為幽靈獵人，在18歲生日當天意外獲得亡父遺留的幽靈眼魂，卻因此遭遇覬覦該物的眼魔襲擊。為保護青梅竹馬月村明里與御成，他身陷險境不幸身亡。瀕死之際被神秘仙人所救并授予Ghost驅(qū)動器，以寄宿15位偉人靈魂的幽靈眼魂為媒介，獲得為期99日的臨時復活。面對企圖吞噬人類世界的邪惡魔物，尊化身為假面騎士Ghost，在父親靈魂暗中指引下展開收集偉人眼魂的戰(zhàn)斗。每塊眼魂均承載歷史英雄的特殊能力，而眼魔組織也在同步獵取這些力量以顛覆現(xiàn)實。隨著雙方對關(guān)鍵眼魂的爭奪升級，尊逐漸發(fā)現(xiàn)父親當年被殺真相及自身命運與永恒生命間的深層關(guān)聯(lián)。
