ABC正式宣布續訂《神盾局特工》第三季，故事圍繞蜂巢（Hive）這一古老異人族威脅展開。神盾局團隊在追查九頭蛇殘余勢力時，意外發現蜂巢通過寄生控制人類的黑暗異能，并逐步滲透至機構內部。斯凱（黛西·約翰遜）在獲得異人族能力后，因身份暴露被迫與團隊產生信任危機。與此同時，新加入的仿生人艾達（Aida）通過"框架"虛擬世界逐步影響現實，導致費茲與霍爾頓·拉德克里夫博士的道德界限模糊。第三季結尾，蜂巢通過復活祭壇獲得全球性威脅能力，迫使神盾局與異人族部落展開最終決戰。因越權行動及隱瞞異能者存在，菲爾·科爾森局長在揭露九頭蛇滲透真相后選擇解散組織，全體成員以流亡身份繼續對抗跨維度威脅。