克隆戰(zhàn)爭進行到了第四季，故事將從納布星球的一場水下戰(zhàn)役開始。歐比旺與安納金率領(lǐng)克隆人軍隊潛入海底，試圖摧毀分離勢力的秘密基地。絕地小隊在深海裂谷中遭遇機械水雷與巨型生物的雙重威脅，克隆人士兵查姆在行動中展現(xiàn)出超越程序設(shè)定的戰(zhàn)術(shù)判斷。戰(zhàn)役結(jié)束后，安納金被委派護送神秘貨船穿越雷區(qū)，任務(wù)期間發(fā)現(xiàn)船上裝載著能改寫克隆人行為模式的基因密鑰。與此同時，杜庫伯爵在卡米諾星暗中策反克隆人科學(xué)家，格里弗斯將軍則啟動代號"冥想室"的超級武器計劃。絕地議會持續(xù)面臨西斯勢力滲透，歐比旺與安納金的師徒關(guān)系在多重危機中接受考驗。各線戰(zhàn)場均指向逐漸失控的克隆人忠誠度問題，銀河共和國與分離勢力在暗處布下更深層的棋局。