來歷不明的花粉導致包括諸星團在內的多人集體失憶，病原體攜帶者在市立中央醫院引發群體性攻擊事件。護士村田恭子收留失去賽文奧特曼身份認知的諸星團期間，發現其體內存在特殊能量波動。經調查證實，外星侵略者艾伊羅星人通過花粉控制中樞神經的生物技術，在操縱醫院病患制造混亂的同時，正秘密組裝足以摧毀地球的反物質炸彈。為阻止威脅全人類的陰謀，恭子協助諸星團通過光線槍殘存能量觸發記憶回溯，在反物質炸彈啟動前的關鍵時刻，賽文奧特曼身份得以完全覺醒。最終超人戰士以奧特斷頭刀摧毀敵方母艦，被花粉影響的市民在特殊光波作用下陸續恢復記憶。