享保六年,將軍德川吉宗為應對江戶突發的巨型蟲害危機,借意見箱制度設立直屬機構「新中町奉行所」(通稱蟲奉行所),派遣精英武士對抗威脅平民安全的變異大蟲。繼承亡父遺志加入奉行所的菜鳥同心月島仁兵衛,原以為只是尋常公務調動,卻在初戰中目睹同伴以特殊鎧甲對抗超自然生物的真相。隨著任務深入,他逐漸發現這些兇暴蟲類源自將軍主導的藥草實驗失控產物,而父親生前正是最早參與鎮壓行動的核心成員。在與資深奉行者們(如使用火焰之力的長谷川、精通機關術的丸目等)并肩作戰的過程中,仁兵衛開始接觸隱藏在幕府高層中的更大陰謀。