《疑犯追蹤》第四季聚焦人工智能領域的生死對抗，延續第三季結尾原故事前提崩塌后的全新挑戰。芬奇、里瑟與回歸的肖組成臨時同盟，在Root及其掌控的人工智能系統"機器"協助下，持續規避由Decima科技公司運營的敵對AI"Samaritan"的監控網絡。團隊通過破解社會安全局的情報漏洞，鎖定被Samaritan標記為"無關號碼"的潛在受害者展開營救。隨著Root與"機器"的神經鏈接逐漸增強，其對抗Samaritan的能力也同步升級。當Samaritan通過政府力量對反抗者展開全城搜捕時，Root最終選擇以自我犧牲為代價摧毀敵方核心服務器，用生命完成對"機器"的終極保護，確保人類自由意志免遭算法統治。