故事發生在神世紀300年，結城友奈作為初中二年級學生，日常與同伴在勇者部進行社團活動。以部長犬吠埼風為核心，成員們通過特殊契約獲得召喚精靈的力量，肩負著對抗神秘敵人Vertex的使命。這些來自異界的威脅持續侵襲人類世界，勇者部成員們運用戰斗系統"Vertex Breaker"進行針對性打擊。隨著調查深入，眾人逐漸發現Vertex的出現與神樹系統存在關聯，而持續戰斗正對她們的身體產生不可逆影響。在維持校園生活與執行特殊任務的雙重壓力下，友奈和同伴們既要面對現實創傷，又需解開隱藏在歷史文檔中的真相。某次遭遇戰中發現的古代終端，意外揭示出過往勇者部隊存檔數據，暗示著這場持續三百年的戰斗背后另有隱情。當新出現的Vertex展現出超越認知的特性時，勇納奈等人必須在守護日常與突破禁忌之間做出抉擇。