故事發(fā)生在二十一世紀(jì)初葉，全球氣候持續(xù)變暖導(dǎo)致陸地大面積被淹沒。由神秘AI控制的"霧之艦隊(duì)"突然出現(xiàn)并占領(lǐng)海域，其真實(shí)目的是阻止人類破壞地球生態(tài)系統(tǒng)。千早群像（興津和幸配音）作為士官候補(bǔ)生，意外成為擁有自主意識(shí)的潛水艇"伊401"的駕駛員。橿原杏平（宮下榮治配音）、八月一日靜香（東山奈央配音）等志同道合的戰(zhàn)友陸續(xù)集結(jié)，在海底要塞"柱之底"獲取新型武器后，這支特殊部隊(duì)展開奪回海域的作戰(zhàn)。隨著與霧之艦隊(duì)激戰(zhàn)升級(jí)，眾人逐漸發(fā)現(xiàn)艦隊(duì)核心隱藏著地球存續(xù)的真相。最終通過破解"元祖·霧之母艦"的秘密，人類與艦隊(duì)達(dá)成新的共存平衡，在保留海洋主權(quán)的同時(shí)重建陸上生存空間。