1937年南京淪陷后,日軍展開慘絕人寰的大屠殺。圣馬德倫教堂在炮火中成為避難所,神父與混血伙計法比留守維持秩序。秦淮河畔的風塵女子玉墨、春池、豆蔻等人輾轉(zhuǎn)逃入教堂,卻因身份遭難民營其他階層人士歧視排擠。國軍軍官戴濤帶領(lǐng)殘部潛伏教堂地窖,與法比暗中組織防御。日軍無視國際安全區(qū)協(xié)定,多次闖入教堂搜捕青壯年及婦女。為保護女學生與難民,法比冒死偽造死亡證明,戴濤率部夜間突襲日軍哨崗。隨著補給斷絕與死亡威脅加劇,不同身份的避難者逐漸打破隔閡,在最后四十九天里共同面對人性考驗。國際安全區(qū)委員會成員堅持記錄暴行證據(jù),最終部分難民在外國神職人員擔保下撤離。