柯南、灰原及少年偵探隊(duì)成員隨博士露營(yíng)歸途，受邀參觀西多摩市雙塔摩天大樓開(kāi)幕典禮。毛利小五郎攜小蘭、園子應(yīng)學(xué)妹常盤美緒之邀出席，期間結(jié)識(shí)畫(huà)家如月峰水、議員大木巖松及程序員原。灰原異常舉動(dòng)引起柯南注意，而園子的發(fā)式令她酷似雪莉。大木在B塔遇害后，目暮警官發(fā)現(xiàn)其與美緒存在隱秘關(guān)聯(lián)；原隨后在家被害，兩案現(xiàn)場(chǎng)均留有乳缽狀酒杯碎片。柯南據(jù)此聯(lián)想到黑暗組織，發(fā)現(xiàn)第二起案件碎片無(wú)血跡殘留，并確認(rèn)灰原正遭神秘人追蹤。美緒展示如月畫(huà)作時(shí)被殺，尸體呈現(xiàn)雙塔與富士山的幾何對(duì)應(yīng)關(guān)系，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)完整酒杯與珍珠指向兇手身份。A塔檔案室及配電室接連爆炸，柯南識(shí)破狙擊園子的槍手身份時(shí)真相大白。眾人被困火場(chǎng)之際，少年偵探隊(duì)通過(guò)博士發(fā)明的裝置實(shí)施救援，柯南利用雙塔結(jié)構(gòu)特性引導(dǎo)眾人從空中連廊脫險(xiǎn)。如月峰水的復(fù)仇動(dòng)機(jī)與美緒過(guò)往關(guān)聯(lián)浮出水面，灰原因身份暴露引發(fā)的危機(jī)亦在最終撤離中解除。