東京、大阪、京都相繼發生殺人事件，5名死者皆是頭戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬間殺害。警方調查發現死者均為盜取佛像及美術品的犯罪集團“源氏螢”成員，該組織以義經家臣命名共有8人，均持有《義經記》且被奪走5本。京都古寺山能寺收到神秘畫謎信件，聲稱解謎可尋回8年前失竊的如來佛像。柯南、小蘭隨毛利偵探前往協助，而與新一齊名的大阪高中生服部平次因曾受其中一名死者關照，亦為調查案件及尋找初戀情人秘密抵達京都。柯南與服部聯手追查時，發現有人欲致平次于死地，并牽扯出“源氏螢”另一成員遇害事件，所有線索均指向畫謎核心。經縝密推理揭露兇手為偽裝鞍馬天狗的和服店老板今劍公彥，其動機關聯平家物語中的歷史恩怨。最終通過重組畫謎文字鎖定佛像藏匿于鞍馬寺，服部成功營救被綁架的初戀情人葉村惠，并與柯南共同破解千年詛咒真相。