每四年一屆的體育界最大盛事——世界體育大會（世體會，WSG）即將在日本東京舉行，屆時時速達到驚人的1000公里的真空超導磁懸浮列車也將與世人見面。在世體會贊助商壯行會上，主辦方宣布除了贊助方和嘉賓外，還將通過抽簽的方式選出該列車首批榮幸之至的乘客。得到消息后，少年偵探團的各位躍躍欲試，殊不知意想不到的是突然發生。在壯行會上，許多高層領導接連遭到綁架。危急關頭，柯南與赤井秀一先后投入了與幕后真兇爭分奪秒的抗爭之中。隨著調查深入，兩人發現這起連環綁架案與三十年前導致赤井家族分裂的"微波爐研發事件"存在關聯，而綁架者的真實身份指向了曾被該實驗摧毀家庭的外籍科學家父女。當所有線索最終匯聚至真空超導磁懸浮列車時，柯南與FBI小組必須在列車以千公里時速發車前解除其搭載的電磁脈沖炸彈威脅，同時救出被困于地下設施的人質。通過工藤優作提供的關鍵推理與赤井家族成員的默契配合，柯南最終在列車啟動瞬間識破偽裝成贊助商的主謀，并借助磁懸浮軌道的特殊構造成功瓦解了這場精心策劃的復仇陰謀。