《失蹤：他們存在過》以聚集了失蹤死者鬼魂的村莊為背景，講述刑警金旭與調查組成員通過尋找尸體、破解靈異事件真相的懸疑奇幻故事。警方在追查連環失蹤案時發現，所有線索均指向被廢棄的神秘村落，這里盤踞著因非正常死亡而無法安息的亡靈。調查團隊必須在限定時間內找到死者遺骸并查明死亡真相，才能阻止怨念擴散至現實世界。隨著搜證深入，金旭逐漸揭開與自己親人失蹤案相關的驚悚往事，而村莊里塵封的集體屠殺慘案、警方高層試圖掩蓋的秘密也浮出水面。當最后一具遺體被發現，所有亡靈在真相昭示后得以安息，而幸存者們則帶著對生死界限的全新認知繼續前行。