阿不思·鄧布利多教授（裘德·洛飾）意識到強大的黑巫師蓋勒特·格林德沃（麥斯·米科爾森飾）正試圖通過煽動巫師戰爭奪取魔法世界控制權。受限于與格林德沃的過往誓言無法直接對抗，鄧布利多秘密委托魔法動物學家紐特·斯卡曼德（埃迪·雷德梅恩飾）組建特別行動隊，成員包括傲羅、麻瓜面包師及年輕巫師等。團隊穿越歐洲追蹤格林德沃勢力擴張，途中遭遇兇暴的護樹羅鍋、劇毒雷鳥等新舊神奇動物，并與格林德沃麾下的黑巫師多次激烈交鋒。隨著魔法部選舉臨近，紐特團隊發現格林德沃企圖利用血祭石復活遠古巫師強化己方力量。最終行動中，紐特與弟弟忒修斯、美國魔咒師邦迪等人在柏林展開生死對決，迫使鄧布利多提前打破自我束縛與格林德沃正面交鋒，徹底粉碎其通過選舉操控魔法世界的陰謀。