名偵探柯南真人版第三彈將舞臺轉向神秘傳說，故事設定在工藤新一變小前100天。因緣際會下，工藤新一（溝端淳平飾）與毛利蘭（忽那汐里飾）來到流傳怪鳥傳說的十五夜村，得知當地每逢祭典便有巨鳥襲擊并倒插貢品。富豪倉勇海（草刈正雄飾）計劃在三日后的祭典期間展示神秘收藏品，但其助手卻以傳說中"倒掛樹上"的方式遇害。隨著新一展開調查，更多受害者以相同手法被襲擊，迫使他通過現場遺留的金屬羽毛等線索破解機關。最終真相浮出水面——所謂怪鳥實為兇手操控的巨型機械裝置，而連環命案源于倉勇海遺產爭奪引發的滅口陰謀。新一借助滑板與足球解開空中軌跡之謎，令偽裝成守護神的犯罪者現出原形。