上條當(dāng)麻居住的學(xué)院都市是超能力科學(xué)開發(fā)最前沿，但當(dāng)他發(fā)現(xiàn)陽臺欄桿上倒掛著自稱茵蒂克絲的少女時，這個依賴科學(xué)解釋的世界觀遭遇挑戰(zhàn)。擁有十萬三千本魔導(dǎo)書記憶的茵蒂克絲正被魔法師追殺，盡管上條當(dāng)麻具備"幻想殺手"的異能，卻無法否定少女身上真實存在的魔法力量。在目睹茵蒂克絲因危險離開后，上條返校途中未察覺暗涌的超自然勢力已開始運作。當(dāng)放學(xué)回家發(fā)現(xiàn)茵蒂克絲倒在血泊中的瞬間，科學(xué)與魔法的界限被徹底打破。這個由英國清教必要之惡教會制造的人形禁書庫，其存在本身已成為連接學(xué)園都市超能力體系與三大魔法勢力的導(dǎo)火索。隨著羅馬正教、神之右席等魔法側(cè)組織的介入，以及學(xué)園都市統(tǒng)括理事會陰謀的展開，上條當(dāng)麻不得不在科學(xué)與魔法交織的世界中直面雙重危機。