在太一一行人告別數(shù)碼世界后,數(shù)碼世界并未關(guān)閉與人類的通道。隨著新危機(jī)爆發(fā),被選中的孩子再次集結(jié):本宮大輔、井之上京與火田伊織等新一代肩負(fù)使命,攜亞古獸、加布獸及新型數(shù)碼獸共同作戰(zhàn)。此時太一等初代成員已升入初中,僅阿武與小光作為經(jīng)驗傳承者擔(dān)任引導(dǎo)角色。數(shù)碼世界持續(xù)動蕩的根源指向啟示錄獸——由墮落奧米加獸分裂而成的混沌存在。新舊守護(hù)者們歷經(jīng)數(shù)碼帝王與黑暗四天王等勢力的對抗,最終通過DNA融合進(jìn)化突破桎梏,在跨越兩個世界的戰(zhàn)斗中徹底終結(jié)啟示錄獸的威脅,使數(shù)碼世界與人類社會重歸平衡。