2002年,數碼世界面臨滅亡危機。由究極天使獸、基路比獸及神圣天女獸共同治理的數碼世界因基路比獸對人類絕望而叛變,導致三天使體系崩潰。古代十斗士遺留的斗士精神將力量傳遞至現實世界,選中少年神原拓也等六名被選召者攜帶魂進入數碼世界。他們通過收集代表十斗士的火、風等屬性魂實現人與數碼獸融合進化,逐步對抗基路比獸派出的墮天使軍團。在持續戰斗中,拓也等人發現基路比獸制造混亂實為凈化數碼世界的人類污染痕跡。最終六人集齊所有斗士精神完成古代魂進化,于數碼世界的源初之地擊敗墮天使形態的基路比獸。隨著危機解除,被選召者返回現實世界,數碼世界重新建立由三大天使殘存力量維持的新平衡體系。