大門大意外遭遇亞古獸并成為伙伴后，因數(shù)碼特搜部隊(duì)（DATS）堅(jiān)持驅(qū)逐未受管制的數(shù)碼獸而陷入矛盾。湯島以"參與DATS即可對(duì)抗數(shù)碼世界強(qiáng)敵"為由說服大門大加入，并與淑乃、托瑪組成行動(dòng)小組。隨著日本境內(nèi)數(shù)碼危機(jī)頻發(fā)，托瑪發(fā)現(xiàn)其根源與人類七宗罪存在關(guān)聯(lián)。在比丘獸事件中揭露的幕后黑手墨丘利獸，暴露出對(duì)人類敵視的態(tài)度。為阻止危機(jī)，三人組穿越至數(shù)碼世界遇見自稱數(shù)碼獸的人類男孩郁人，其對(duì)人類的怨恨源于身份認(rèn)同創(chuàng)傷。與湯島匯合后，眾人直面墨丘利獸關(guān)于"人類破壞數(shù)碼世界秩序"的控訴，但湯島否認(rèn)人類干預(yù)導(dǎo)致談判破裂?；靵y中湯島將眾人送回現(xiàn)實(shí)世界，獨(dú)自留在數(shù)碼領(lǐng)域。歸來的成員們通過接觸郁人父母促使其直面身份問題，但當(dāng)眾人重返數(shù)碼世界時(shí)，發(fā)現(xiàn)墨丘利獸已被倉(cāng)田殺害——這位曾與大門大父親、郁人父母及湯島共同探索數(shù)碼世界的舊識(shí)，最終選擇以極端手段維護(hù)秩序。故事收束于大門大作為唯一留守?cái)?shù)碼世界的DATS成員，繼續(xù)守護(hù)兩個(gè)世界的平衡。