大門大意外遭遇亞古獸并成為伙伴后,因數(shù)碼特搜部隊(DATS)堅持驅(qū)逐未受管制的數(shù)碼獸而陷入矛盾。湯島以"參與DATS即可對抗數(shù)碼世界強敵"為由說服大門大加入,并與淑乃、托瑪組成行動小組。隨著日本境內(nèi)數(shù)碼危機頻發(fā),托瑪發(fā)現(xiàn)其根源與人類七宗罪存在關(guān)聯(lián)。在比丘獸事件中揭露的幕后黑手墨丘利獸,暴露出對人類敵視的態(tài)度。為阻止危機,三人組穿越至數(shù)碼世界遇見自稱數(shù)碼獸的人類男孩郁人,其對人類的怨恨源于身份認同創(chuàng)傷。與湯島匯合后,眾人直面墨丘利獸關(guān)于"人類破壞數(shù)碼世界秩序"的控訴,但湯島否認人類干預導致談判破裂。混亂中湯島將眾人送回現(xiàn)實世界,獨自留在數(shù)碼領(lǐng)域。歸來的成員們通過接觸郁人父母促使其直面身份問題,但當眾人重返數(shù)碼世界時,發(fā)現(xiàn)墨丘利獸已被倉田殺害——這位曾與大門大父親、郁人父母及湯島共同探索數(shù)碼世界的舊識,最終選擇以極端手段維護秩序。故事收束于大門大作為唯一留守數(shù)碼世界的DATS成員,繼續(xù)守護兩個世界的平衡。