影片延續前作設定，講述了曾作為職業殺手搭檔的兩位女高中生——以精準槍法聞名的高石明里與擅長近身格斗的伊澤彩織，在退役后嘗試融入普通社會的生活。兩人表面以便利店店員和美容院學徒身份維持平靜日常，但過往執行"畢業典禮清除計劃"時遺留的心理創傷與技能本能持續干擾著她們的正常生活。當某神秘組織突然展開對前殺手成員的追殺行動，巖永丞威率領的敵對刺客小隊用新型神經毒劑武器威脅到中井友望經營的社區診所時，被迫重出江湖的搭檔不得不在保護平民與隱藏身份間艱難抉擇。片尾通過濱田龍臣飾演的情報販子傳遞的加密檔案，暗示著跨國犯罪集團正在利用她們曾經效忠組織的技術殘余進行新型生化武器研發。