西歷2017年東京上空突然出現謎之侵入者MU,其目的與形態均超乎人類認知。在對方壓倒性力量下各國軍隊接連潰敗,直至TOKYOJUPITER力場屏障建立后形成對峙局面。十年后的2027年,地球連軍仍持續在屏障內進行抵抗。MU族通過精神同調操控的超兵器不斷發起攻擊,而覺醒者神名綾人意外獲得神秘機體"翼神"的操控能力。隨著戰斗深入,綾人體內沉睡的記憶逐漸復蘇,揭示出MU族為延續生存而戰的真相。最終人類與MU在東京屏障內完成精神融合,綾人繼承雙方意志成為新世界締造者,終結了這場跨越維度的文明沖突。