TNT續訂《末日孤艦》第三季13集，由邁克爾·貝擔任執行制片人。在全球性致命病毒肆虐的背景下，查蘭德艦長率領幸存船員繼續探索病毒起源與解藥研發。本季揭露了病毒由跨國制藥集團陰謀制造的真相，同時面臨新反派勢力對艦船系統的滲透。隨著幸存海軍陸戰隊與民間科學家團隊的矛盾激化，主角陣營分裂為兩股勢力。在多方軍事力量爭奪解藥的過程中，關鍵角色犧牲與身份反轉推動劇情走向高潮，最終通過摧毀病毒數據庫為人類存續爭取到關鍵轉機。