江戶時代德川幕府統治下，為爭奪蘊含神秘力量的龍之寶玉，流浪忍者牙神獸兵衛與柳生一族等勢力展開生死較量。各方勢力覬覦的寶玉實為古代文明遺物，其能量足以顛覆現有政權秩序。獸兵衛在保護寶玉的過程中，先后與柳生義嚴率領的精銳武士集團、妖術師風來炮及其操控的傀儡軍團激烈交鋒。柳生一族借幕府勢力四處搜捕獸兵衛，企圖以寶玉之力實現稱霸天下的野心。隨著爭奪戰白熱化，獸兵衛逐漸發現寶玉與自己家族被滅的往事存在關聯。最終在伊賀谷決戰中，獸兵衛以忍風流秘技擊破柳生義嚴的雷切劍法，將寶玉封入其父遺留的風無卷軸。戰后獸兵衛繼續流浪生涯，而寶玉的力量被封印于忍具之中，等待下個亂世的降臨。