江戶時代德川幕府統(tǒng)治下，為爭奪蘊(yùn)含神秘力量的龍之寶玉，流浪忍者牙神獸兵衛(wèi)與柳生一族等勢力展開生死較量。各方勢力覬覦的寶玉實(shí)為古代文明遺物，其能量足以顛覆現(xiàn)有政權(quán)秩序。獸兵衛(wèi)在保護(hù)寶玉的過程中，先后與柳生義嚴(yán)率領(lǐng)的精銳武士集團(tuán)、妖術(shù)師風(fēng)來炮及其操控的傀儡軍團(tuán)激烈交鋒。柳生一族借幕府勢力四處搜捕獸兵衛(wèi)，企圖以寶玉之力實(shí)現(xiàn)稱霸天下的野心。隨著爭奪戰(zhàn)白熱化，獸兵衛(wèi)逐漸發(fā)現(xiàn)寶玉與自己家族被滅的往事存在關(guān)聯(lián)。最終在伊賀谷決戰(zhàn)中，獸兵衛(wèi)以忍風(fēng)流秘技擊破柳生義嚴(yán)的雷切劍法，將寶玉封入其父遺留的風(fēng)無卷軸。戰(zhàn)后獸兵衛(wèi)繼續(xù)流浪生涯，而寶玉的力量被封印于忍具之中，等待下個亂世的降臨。