故事發生在全年櫻花盛開的新月形島嶼——初音島。兩年前神秘枯萎的櫻花突然重新綻放,主人公朝倉純一進入風見學園后展現出與過去"好困"形象截然不同的勤勉開朗性格。他的兩個妹妹中,朝倉音夢在櫻花首次枯萎時離開了島嶼。隨著純一參與學園祭籌備并與妹妹們共同生活,眾人逐漸發現櫻花異變與島上時間流動異常存在關聯。純一通過照料妹妹們的日常生活,逐步解開兩年前端木家魔法使遺留的謎題,在楓與理樹等兒時玩伴協助下,最終修復了因時空紊亂導致的櫻花生命循環系統。故事以純一與妹妹們守護住這座承載著永恒春天的奇跡之島作為結局。