為了紀念《游戲王》系列漫畫連載二十周年，本作講述了武藤游戲與寄宿于千年積木中的另一人格"暗游戲"完成最終對決并正式告別后，與伙伴們回歸平凡生活的故事。自稱藍神的神秘少年突然現身，并將游戲等人卷入異空間，與此同時執著于與暗游戲對決的海馬瀨人，在積木沉眠處試圖復原千年積木以重現暗游戲。當海馬即將完成積木時，藍神的真實身份被揭曉——其為貝卡斯口中"被遺忘之人"，因二十年前初代決斗王之戰引發的時空扭曲而誕生于數據洪流中的存在。他通過誘導海馬激活積木殘片，將現實世界與虛擬次元扭曲為決斗場域。游戲在伙伴們協助下重啟與暗游戲的羈絆，二人以精神共鳴為紐帶再次合體，在跨越次元界限的數據深淵中擊潰藍神的復仇計劃。最終海馬親手粉碎復原至最后的積木殘片，暗游戲在與游戲完成跨越時空的心靈對話后，隨著千年道具的徹底消散而永遠沉入歷史長河。