故事發(fā)生在天保十四年的江戶。水野忠邦推行財(cái)政緊縮政策導(dǎo)致民生凋敝，社會(huì)在幕府壓迫與西方殖民威脅下陷入動(dòng)蕩。秘密機(jī)構(gòu)“蠻社改所”以研究蘭學(xué)為掩護(hù)，實(shí)則負(fù)責(zé)肅清潛入日本的西方勢(shì)力“妖夷”。組織首領(lǐng)小笠原放三郎是癡迷蘭學(xué)實(shí)用性的學(xué)者，雖無(wú)實(shí)戰(zhàn)能力卻掌握核心機(jī)密，被迫聽(tīng)命于南町奉行鳥(niǎo)居耀藏。他與具備操控“漢神”之力的妖奇士龍導(dǎo)往壓結(jié)成同盟，后者能將漢字中蘊(yùn)含的能量具現(xiàn)化為對(duì)抗妖夷的武器。隨著西方列強(qiáng)通過(guò)超自然手段加緊滲透，兩人帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)在江戶暗處周旋于政治陰謀與異國(guó)科技之間，以漢神之力化解妖夷制造的危機(jī)，并在權(quán)力博弈中揭露幕府與藩鎮(zhèn)間的深層矛盾，最終以非常手段阻止了列強(qiáng)顛覆日本的計(jì)劃。