一年半前的疫情爆發摧毀了人類文明秩序。前聯邦調查局特工（喬納森·萊斯·梅耶斯飾）在廢墟中茍活時接到特殊任務，必須護送具有天然免疫能力的少女（珍娜·莉·格林飾）穿越被幸存者占領的危險區域。他們的行蹤被精神病態的前科學家（約翰·馬爾科維奇飾）偵知，此人堅信通過提取少女血液中的抗體研制出病毒變種，就能建立由他主導的新世界秩序。在廢棄地鐵站的最終對峙中，特工利用熟悉的城市地下結構摧毀了追捕者的臨時據點，帶著少女從水路突圍時發現她體內抗體正在產生變異反應。這場逃亡揭示了疫情爆發的真正源頭與政府隱瞞的人體實驗關聯，但兩人選擇繼續向北方未受污染地區前行，以避開所有試圖利用抗體達成目的的勢力。