高中生結城理（石田彰飾）自幼父母雙亡，在過去的十年里他一直寄宿在郊外的親戚家。這一天他返回兒時居住的地方，轉學進入當地的學校——私立月光館學園高中部。某天深夜，結城意外遭到神秘怪物的襲擊。傳說在一天和一天之間隱藏著鮮為人知的“影子時間”，而怪物正是棲息在影子時間內的Shadow。由于受到攻擊，結城體內足以與Shadow對抗的能力Persona突然蘇醒。在此之后，他被介紹加入了云集著許多擁有Persona能力持有者的特別課外活動部（S.E.E.S.）。這群懷著不同想法的年輕人通過不斷探索影子時間的真相，逐漸發現這個世界的異常與殘酷，并在對抗Shadow的過程中直面宿命般的抉擇。