連續的破壞活動出現在東京灣附近。城南署的刑事久住及秦負責此案調查，期間秦結識了擔任大學講師的冴子并漸生情愫。兩人在東京灣儲備基地遭遇能吞噬人類的異型怪物，原以為這是襲擊事件主謀，但現場遺留肉塊引發事態劇變。隨著警視廳、防衛廳及特車二課介入，調查發現怪物與非法生物實驗關聯，并牽扯出冴子參與秘密研究項目的隱秘身份。自衛隊在暗中啟動清除計劃的同時，怪物再度襲擊東京灣。特車二課駕駛機甲警察展開正面作戰，最終通過戰術配合摧毀怪物核心裝置。戰役結束時真相揭露：冴子為終止失控實驗主動提供關鍵情報，而秦在戰火中救出負傷的冴子。