20世紀末，一種被稱為“B細胞”的物質被發現存在于生物體內，這種物質會直接侵入生物的DNA內部，使其產生異變。科學家們對這種奇妙的物質產生了極大的興趣，為此進行了多次動物實驗，并秘密地準備將B細胞用在人體上。高中生海堂佑司在不知不覺中成為了犧牲品，也因B細胞的活性化而被診為不治之癥，進入了精心安排下的冷凍睡眠。在這段時間內，由于動物體內的B細胞無法通過冷凍來抑制，使其發生了突變增殖引發了物種變化，兔子和小狗成為了巨大的蟲狀怪物BLUE。它們在很短的時間內交配繁殖，并將人類當作了自己的食物。整個世界很快就被數量龐大的BLUE所占據，只有1千萬左右被選出的人逃到了太空殖民地“第二地球”里，而剩下的人類卻只能留在地面上被BLUE所蹂躪。若干年后，海堂佑司因冷凍裝置故障意外蘇醒，在反抗組織“草薙”幫助下得知真相，發現自身B細胞已與肉體共生并獲得特殊能力。為阻止BLUE的進一步擴散和揭開人體實驗陰謀，他與草薙隊長及同伴們展開行動。最終決戰中，人類通過自我犧牲式的基因重組技術終止了B細胞的失控傳播，但這場由野心引發的災難徹底改變了地球生態格局。不是天災，不是蟲孽，只是人禍而已……