2023年東京。東山首相（中村トオル飾）在世界環境大會上宣布推進"COMS"系統，同時成立由各省優秀青年官僚組成的"日本未來促進委員會"。環境省職員天海啟示（小栗旬飾）與經濟產業省常盤浩一（松山ケンイチ飾）入選該委員會。此時地質學家田所雄介（香川照之飾）在周刊發表關東沉沒預警，引發社會動蕩。天海為平息事態與田所會面卻遭冷遇，對方更預言伊豆海岸某島嶼即將沉沒并成為關東沉沒的前兆。同期，天海因疑似與環保企業"DPlans"存在利益勾結遭記者椎名實梨（杏飾）質疑。為查證真相，天海與常盤前往伊豆海域潛水考察，在水下發現大規模海底裂痕及異常火山活動。與此同時，田所雄介的科學團隊通過深海探測器"白瀨號"證實地殼異常運動，東山政府開始秘密啟動應對計劃。隨著伊豆某離島突然出現地基塌陷，天海逐漸意識到田所預言的真實性，并發現COMS系統與沉沒危機存在關鍵關聯。