小智（松本梨香配音）來自真新鎮，他的目標是要成為神奇寶貝頂級訓練師。在即將展開訓練師旅程的一天，因為遲到，他并沒有拿到初始的小精靈。大木博士（石冢運昇配音）見狀，便送了一只不愿進精靈球和非常調皮的皮卡丘給這位失落的年輕人。于是，他們倆便踏上了精靈寶可夢的旅程。在旅途中，他們的之間的隔閡逐漸打破，并認識了同行的伙伴誠子（佐藤栞里配音）與宗次（本鄉奏多配音），并聽到了有關鳳王的傳說。“受到虹色之羽的引導，見到鳳王的人，就會成為彩虹勇士...”本部劇場版是《神奇寶貝》動畫系列的第二十部電影。該部電影的劇情是系列動畫第一集《神奇寶貝！就決定是你了！》的改編，描述小智與皮卡丘踏上成為寶可夢大師的冒險之旅。面對火箭隊三人的多次干擾，小智始終以善意對待皮卡丘，在共同克服對戰障礙后，兩只神奇寶貝最終建立起深厚羈絆。通過誠子與宗次的協助，三人組確認了鳳王傳說與尼比市道館挑戰的關聯性，并在擊敗巖系訓練家后，正式確立了攜手同行的目標。