寬永十五年德川幕府鎮壓天主教徒,引發血腥的島原之亂導致兩萬教眾遇害。深夜復活的教首天草四郎時貞(沢田研二飾)棄絕信仰墮入魔界,誓向幕府復仇。他先后將細川夫人(佳那晃子飾)怨靈、心懷遺憾的宮本武藏(緒形拳飾)、寶藏院胤舜(室田日出男飾)及滅族的伊賀忍者霧丸(真田広之飾)引入魔界,邪力大增。細川夫人化名阿玉蠱惑四代將軍家綱(松橋登飾),柳生但馬守宗矩(若山富三郎飾)雖欲除魔卻壽數將盡,臨終前反被魔道吞噬。柳生十兵衛(千葉真一飾)作為最后希望,孤身闖入魔界與天草四郎展開最終對決,在斬殺宮本武藏殘魂后,于魔界核心以必死之志與天草四郎決戰。經激烈交鋒,十兵衛借柳生家秘傳劍術貫穿天草四郎魔核,將其與所有邪靈一同封入地脈。幕府恢復平靜,但十兵衛亦因魔氣侵蝕化作石像永鎮封印之地。本片改編自山田風太郎同名傳奇小說,融合戰國史實與奇幻元素。