故事發生在從未出現奧特曼與怪獸的地球。外星人"奧美迦"手持象征身份的紅色宇宙回旋鏢墜落地球,失去記憶后以人類形態"宙人"生活。他對人類社會充滿好奇并積極接觸,當神秘巨型怪獸接連出現時,塵封記憶逐漸復蘇。面對威脅宙人的使命感驅使其變身為奧美迦奧特曼展開戰斗,其紅色頭鏢成為標志性武器。地球人類對巨型生物與神秘戰士的出現展開多方觀察,普通青年"優幸"逐漸成為宙人的并肩伙伴。通過對抗怪獸的戰斗經歷,兩人建立起深厚羈絆,在共同探尋真相的過程中逐步揭示奧美迦守護地球的深層原因。最終決戰中,隨著關鍵記憶碎片的完整拼接,奧美迦終于理解自己跨越宇宙來到此地的宿命,并以紅色頭鏢為媒介完成守護使命的身份覺醒。